時は仮想19世紀末。悲劇を嘆く弱い心によって呼び出された魂を、魔導式ボディに閉じ込めることで作られるAKUMAは、殺戮を繰り返すだけの殺人兵器となり、さらなる恐怖と悲劇を生み続けることで進化していく。AKUMAを製造するのは、世界の終焉を目論む千年伯爵率いる「ノアの一族」。そのAKUMAを破壊できる唯一の存在が「黒の教団」率いるエクソシストたち。はるか昔から続く両者の戦いは、何者かに筋書きされた「裏」の真実があった…。